Krypton Polska na bieżąco współpracuje z instytucjami krajowymi, ustawowo odpowiedzialnymi (lub zaangażowanymi) w szeroko rozumianą sferę ochrony informacji niejawnych. Firma współpracuje także z krajowymi ośrodkami naukowo-badawczymi (cywilnymi i wojskowymi), wiodącymi w zakresie opracowywania funkcji i mechanizmów kryptograficznych. Owocem tej współpracy są rozwiązania, które mają zastosowanie w urządzeniach przeznaczonych do wykorzystania w systemach narodowych, przeznaczonych dla szczebla strategicznego i należą do algorytmów typu A.
Efektywna jest także współpraca z niektórymi polskimi firmami, które opracowują i produkują sprzęt telekomunikacyjny dla SZ RP oraz tymi, które zajmują się rozwiązaniami dla infrastruktury klucza publicznego PKI, szeroko stosowanych w jednostkach administracji publicznej i sferze komercyjnej.
Ze względu na specyfikę problematyki (w tym „niejawności”), kwestie współpracy w tym zakresie, nie mogą zostać rozwinięte.